时空转录组Stereo-seq FF产品服务，是一项基于Sereo-seq技术的高精度空间定位转录组测序服务解决方案。该服务利用带有空间坐标信息的Poly T捕获探针芯片，对新鲜冷冻组织（Fresh Frozen, FF）切片中的mRNA进行原位捕获，结合DNBSEQ™高通量测序平台，通过对带有空间条形码（Coordinate lD, CID）的cDNA进行测序和分析，精准地将每个转录本映射回其在组织中的原始空间位置，实现基于空间位置的单细胞水平分析。

此项技术的核心优势在于其纳米级分辨率与厘米级全景视场的独特结合，能够在组织、细胞、亚细胞及分子四个尺度上，同步进行空间转录组解析。不仅实现了对基因表达空间模式的高清描绘，更为深入探究细胞基因表达、形态特征与其所处局部微环境之间的复杂相互作用，奠定了强大而精确的研究基础。

应用领域

疾病研究：细胞异质性及其空间结构对疾病的发生发展和治疗至关重要

发育研究：在空间上解析细胞类型及其相互作用是发育研究的基础

器官研究：细胞类型及其空间结构是研究器官功能及相关疾病的重要基础

演化研究：利用空间转录组技术理解器官在细胞水平的进化过程

产品优势

1. 更高 · 分辨率

Stereo-seq技术将认识生命空间表达的分辨率提高到500 nm的亚细胞层级；可以通过图像识别细胞核位置，并结合算法实现单个细胞及分子信息的空间定位和检测；也可通过binning的方式，识别组织中的不同功能区域。

2. 更大 · 全景视场

Stereo-seq的常规芯片大小为1 cm*1cm，最大可拓展至13 cm*13 cm，多尺寸时空芯片方案能极大地提升捕获面积利用率。

实验流程

1. 样品制备：对OCT包埋组织，进行切片及 RNA 质量评估后，再进行组织切片，将合格切片贴到时空芯片；

2. 组织透化：将铺贴到芯片上的组织进行切片固定和渗透。时空芯片上布置有空间捕获探针，能与组织细胞释放的mRNA 分子结合，从而在芯片上抓取目标样本组织细胞的 mRNA 分子，并合成cDNA；

3. 文库制备及测序：cDNA合成后构建测序文库，用国产化超高通量的测序仪完成测序；

4. 数据分析：针对下机数据进行质控，并完成全套分析，最终得到目标样本组织细胞在空间位置上表达的基因信息。

项目执行周期

4个样品标准流程（建库，测序和SAW分析）的正常周期约为25个工作日；但由于前期样品处理（切片、染色、透化）步骤需反复沟通该周期不会记入项目执行周期。

测序建议

测序平台：DNBSEQ平台

测序读长：PE100

数据量推荐：1cm x 1cm芯片正式实验执行样品建议交付数据：2G raw reads; 0.5cm x 0.5cm 芯片正式实验执行样品建议交付数据：1G raw reads;

Q30>80%

样品要求

1. OCT 包埋的新鲜组织；

2. 建议组织离体 30 分钟内包埋，或速冻 -80℃保存；

3. 1cm x 1cm标准芯片推荐包埋组织大小：组织尺寸不应超过 0.9 cm × 0.9 cm × 2 cm（长 × 宽 × 高），暨组织切片 / 芯片面积不应超过时空芯片总面积的 80%；

4. 更详细具体的内容请参考时空组学送样建议。

组织样品处理原则

1. 尽量避免组织内部 RNA 降解；

2. 样本处理需保持组织原有结构；

3. 样本处理不影响后续实验操作。

样品运输要求

1. 包埋后的组织用锡箔纸包好,放入密封袋中密封并放入样本盒中 -80C保存；

2. 寄送使用干冰运输，确保干冰充足，以运输 24h 计为 N，按消耗（N+0.5）X 5kg 计算送所需的干冰用量；

3. 寄送样本前需填写《时空组学样本信息收集表》，将组织在包埋盒中的照片以及组织、切面等标记的照片附在《时空组学样本信息收集表》中。