时空转录组FFPE产品服务，是一项基于Sereo-seq技术的高精度空间定位转录组测序服务解决方案。该服务利用“随机探针”对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获，结合DNBSEQ™高通量测序平台，通过带有空间条形码（Coordinate lD, CID）的cDNA进行测序和分析，精准地将每个转录本映射回其在组织中的原始空间位置，实现全物种全转录组空间表达图谱的构建，助力临床科研深入理解疾病的发生与发展机制。

此项技术的核心优势在于其纳米级分辨率与厘米级全景视场的独特结合，能够在组织、细胞、亚细胞及分子四个尺度上，同步进行空间转录组解析。不仅实现了对基因表达空间模式的高清描绘，更为深入探究细胞基因表达、形态特征与其所处局部微环境之间的复杂相互作用，奠定了强大而精确的研究基础。

产品优势

编码及非编码 RNA 共捕获：基于随机探针的技术原理, 可同时实现 mRNA 和 non-coding RNA 的原位捕获；
宿主和微生物共检测：可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息，进而探究宿主与微生物的互作关系；
超高分辨率空间单细胞分析：检测分辨率达到500nm，可实现空间单细胞水平分析；
无物种限制：不仅可以应用于人和小鼠，也可对其他物种样本进行时空组学信息挖掘。

实验流程

1. 样品制备: 对FFPE石蜡包埋块或蜡卷, 进行切片及 RNA 完整度评估后，再次进行FFPE石蜡块切片，并将切片贴到时空芯片上；如果客户提供FFPE蜡卷，进行RNA完整度评估和形态染色质检后，再将合格的样品贴在时空芯片上；

2. 透化反转录组：将组织进行固定和渗透。时空芯片上布置有空间捕获探针，能与组织细胞释放的RNA 分子结合, 从而在芯片上抓取目标样本组织细胞的 RNA 分子，并合成cDNA；

3. 文库制备及测序: cDNA合成后构建测序文库，用华大自主研发的国产化超高通量的测序仪完成测序；

4. 数据分析：针对下机数据进行质控，并完成全套分析，最终得到目标样本组织细胞在空间位置上表达的基因信息。

项目执行周期

4个样品标准流程（建库，测序和SAW分析）的正常周期约为25个工作日；但由于前期样品处理（切片、染色）步骤需反复沟通该周期不会记入项目执行周期。

测序建议

测序平台：DNBSEQ平台
测序读长：PE75
数据量推荐：正式实验执行样品建议交付数据：2.5-3G clean reads （1cm x 1cm 时空转录组FFPE芯片）；测序数据质量：Q30>80%。

样本要求

适用于常见动物物种的 FFPE 蜡块样本、FFPE 蜡片样本的时空转录组研究，主要适用于人类病理样本，另外包括但不限于鼠、猴、猪等样本。样本需要使用10%福尔马林或4%多聚甲醛（PFA）固定，其他固定条件可能与实验不兼容需要先咨询或自行承担风险。

1. FFPE蜡块或者FFPE蜡卷皆可；

2. 每个蜡块需用密封袋单独包装和清晰名称标注；

3. 蜡卷需尽量平展无破损，可用50mL离心管或者培养皿存放和运输；

4. 更详细具体的内容请参考时空转录组FFPE送样建议。

组织样品处理原则

1. 尽量避免组织内部 RNA 降解；

2. 样本处理需保持组织原有结构；

3. 样本处理不影响后续实验操作。

保存及运输

1. 蜡块包埋后需4~8℃长期保存，常温或更高温度易导致核酸降解;

2. 蜡卷样品需密封保存。在离心管外标签处写上样本名称、日期及用途装入自封袋并放入干燥剂密封保存。样本制备完成后，可密封后暂放4℃冰箱，所有样本准备完成后需要尽快寄送；

3. 蜡块或蜡卷样品放入密封袋中密封，选择大小合适的泡沫盒，且封口严实，保证泡沫盒密闭；

4. 寄送使用冰袋寄送，寄送时间 > 24 小时，应不少于6块冰袋（13 cm × 23 cm）；

5. 样本做好防撞措施，建议使用泡沫、发泡纸等多层包裹以避免运送过程中碰撞影响样本；

6. 寄送样品前需填写《时空组学样品信息单》。填写时请留意表格注意事项。

注：更多FFPE蜡块和蜡卷样品送样建议细节请见《时空FFPE送样建议》

Stereo-seq FFPE